W odróżnieniu od elementów przyrody nieożywionej, szata roślinna i fauna omawianego masywu górskiego nie doczekały się dotąd kompleksowych badań i opracowań.
Około 40% powierzchni Rudaw Janowickich zajmują lasy regla dolnego. Jedynie wierzchowina masywu - zwłaszcza kopuła Skalnika - sięga granicy regla dolnego i górnego. 90% drzewostanu stanowią lasy świerkowe bądź z wyraźną przewagą świerka. Miejscami na niewielkich połaciach spotyka się skład gatunkowy właściwy dla lasów piętra pogórza: w niższych partiach Rudaw spotykamy enklawy buczyny, a także dąb, grab, jesion, lipę, jodłę, brzozę, sosnę. W reglu dolnym buczyna pojawia się nader skąpo, często z domieszką jodły lub jaworu.
W prezentowanym tu regionie zarejestrowanych jest około 30 drzew pomnikowych - głównie buków i dębów. Nadmienić trzeba, że rejestr pomników przyrody nie obejmuje wszystkich obiektów zasługujących na prawną ochronę.
Unikalne skupisko drzew - pomników przyrody (wiązy górskie, buki i klon) spotkamy na Zamkowym Grzbiecie w pobliżu zamku Bolczów.
Cenny zabytek stanowią położone na obrzeżu Rudaw parki podworskie i aleje. Często były one projektowane w oparciu o bogaty program romantyczno-sentymentalnego kształtowania krajobrazu. W parkach tych zachowały się okazałe i sędziwe drzewostany, wśród których nie brak okazów unikalnych. Założone przeważnie w I połowie XIX w. enklawy zieleni stanowią niebanalną atrakcję turystyczną omawianego regionu.
Na północ od Trzcińska - poza linią kolejową - znajduje się fragment torfowiska wysokiego, porośniętego rzadkim lasem brzozowym i pozostałościami boru bagiennego. Unikalność tego tworu przyrody w tym rejonie kraju jest bezsporna. We wschodniej części Obniżenia Mysłakowickiego - w dolinie Karpnickiego Potoku interesujący jest specyficzny biotop - zarastające zbiorniki wodne otoczone lasem i fragmentami starodrzewu.
Całkiem odmienne warunki przyrodniczo-krajobrazowe napotkamy w dolinie Janówki. Zachował się tu fragment drzewostanu typowego dla dawnej dolnoreglowej puszczy sudeckiej: buczyna z domieszką jodły, świerka, a także jawora. Urok tej doliny podkreślają skalne grupy i wychodnie. Niestety, jej charakter został mocno naruszony przez wyasfaltowanie drogi biegnącej dnem doliny.
Wśród stosunkowo obfitej roślinności stwierdzono w Rudawach występowanie takich roślin chronionych, jak: wiciokrzew pomorski, wawrzynek wilczełyko, kruszyna. Spotykamy tu również całe łany konwalii majowej, a nasłonecznione stoki zdobi dziewięćsił bezłodygowy. W ocienionych miejscach znajdziemy lilię złotogłów i podrzeń żebrowiec. Do wymienionych roślin dodać należy jeszcze występujące w Rudawach goryczki - orzęsioną i trojeściową, a także kopytnik pospolity, pokrzyk, wilczą jagodę, marzankę wonną.
Lasy Rudaw Janowickich i ich przedgórza są ostoją zwierzyny płowej. Często spotykamy tu stadka saren i jelenie. Na przedgórzu dziki nie należą do rzadkości. Z listy zwierząt podlegających ochronie gatunkowej w prezentowanym rejonie występują: rzekotka drzewna, salamandra, gronostaj, łasica i jeż. Lasy rudawskie obfitują w ptactwo, wśród którego spotykamy dzięcioły, sowy i myszołowy. Spotyka się tu również krzyżodzioby - ptaki, którym nietypowa budowa dzioba ułatwia wydobywanie nasion z szyszek drzew iglastych. Śródleśne poręby i łąki ożywiają obficie tu występujące motyle, m.in. paź żeglarz i paź królowej.
Zasoby przyrodnicze Rudaw Janowickich oczekują kompleksowego przebadania przez specjalistów oraz objęcia ochroną prawną ich niezaprzeczalnych walorów.
W roku 1984 Towarzystwo Urbanistów Polskich ogłosiło konkurs na opracowanie planu zagospodarowania przestrzennego projektowanego Rudawskiego Parku Krajobrazowego. Należy mieć nadzieję, iż jego utworzenie w niedalekiej przyszłości stanie się faktem.
Proponowane granice Parku pokrywają się z granicami zasięgu tego przewodnika. Wyjątkiem byłaby jedynie granica północna, która objęłaby Góry Lisie i Góry Ołowiane - charakterem zbliżone do Rudaw Janowickich. W granicach Parku znaleźć się ma cała przełomowa dolina Bobru i Mokradła Trzcińskie. Proponowany obszar Rudawskiego Parku Krajobrazowego wraz z otuliną zajmowałby powierzchnię około 20400 ha.
