Wraz ze wzrostem wysokości nad poziomem morza występuje spadek temperatury o 0,50 i wzrost opadów atmosferycznych średnio o 50 mm na każde 100 m npm. Należy to mieć na uwadze przy planowaniu wycieczek. Zima trwa tu ponad 14 tygodni, zaś przedwiośnie ze średnimi temperaturami dobowymi powyżej 00 pojawia się dopiero w okresie od 15 do 20 marca, a wiosna (średnia temperatura powyżej 50) w miesiąc później. Lato jest bardzo krótkie, gdyż na wierzchowinie Gór Stołowych trwa 4 tygodnie i tylko w niższych partiach przedłuża się do 6 - 8 tygodni.
Jeśli chodzi o opady atmosferyczne, to nie występują one zbyt często w tym regionie, gdyż suma ich rocznie zamyka się w granicach 850 - 950 mm. Przeważają deszcze, a pierwszy śnieg pojawia się przeważnie pomiędzy 10 a 15 października i pada 60 - 65 dni. Pokrywa śnieżna utrzymuje się do ostatnich dni kwietnia.
Wiatry, w tym regionie, wieją przeważnie z kierunku południowo - zachodniego i zachodniego, a więc są to wiatry deszczonośne. Największą siłę mają one na odsłoniętych skalnych bastionach i w dolinach rozgraniczających Góry Stołowe od gór Bystrzyckich i Orlickich; niosą ze sobą także silne i szybkie zmiany zachmurzenia i ciśnienia atmosferycznego. Ma to oczywiście istotny wpływ na samopoczucie i stan zdrowotny przebywających tu ludzi, zwłaszcza w Obniżeniu Dusznickim (choroby sercowe są wyraźnym przeciwwskazaniem).
Góry Stołowe są odwadniane przez systemy dorzeczy trzech rzek: Ścinawki, Bystrzycy Dusznickiej i Bystrej, zwanej też Klikawą. Dwie pierwsze uchodzą do Nysy Kłodzkiej, a przez to należą do zlewiska Morza Bałtyckiego, podczas gdy Klikawa wpływa do Metuji (Czechy), a więc przez Łabę dociera do Morza Północnego. Granica między obszarami zasilania tych cieków przebiega przez Wzgórz Darnkowskie, które stanowią tym samym wododział rangi europejskiej.
Przez samo wnętrze regionu przepływa sporo potoków, lecz niewiele z nich przekracza większe rozmiary. Posna, dawna Pustna, bo płynąca z pustaci pod Szczelińcem Wielkim, to prawobrzeżny dopływ Ścinawki. Tworzyła ona malownicze kaskady między Pasterką a Radkowem, niestety zostały osuszone. Równolegle niejako do krawędzi stopni płynie w płaskiej, słabo zaklęśniętej dolince Czerwona Woda, biorąca początek z wykapów koło Karłowa. Tworzy ona malowniczy zakątek przy pokonywaniu skalnego progu w rejonie Batorowa. Potok ten zbiera wody z większego obszaru, skąd do Bystrzycy Dusznickiej uchodzi w Szczytnej już jako pokaźna rzeka. Zachodnią część Gór Stołowych ujmuje swymi dopływami Klikawa, przy czym najwięcej wody wznosi do niej Darnkowski Potok, którego źródła znajdują się aż pod Lisią Przełęczą.
W wielu miejscach występują tereny podmokłe, a gdzieniegdzie tworzą się lokalne torfowiska. Sprawiają to występujące na powierzchni lub blisko niej słabo przepuszczalne margle, powstałe z osadów ilastych, a stąd łatwo zatrzymujące wody. Największe torfowiska znajdują się koło Batorowa i objęte są ochroną rezerwatową.
