Ponad połowę obszaru Gór Stołowych pokrywa zwarty na ogół kompleks lasów świerkowych, należących do siedliskowego typu borów świeżych. Na ogół są to świerczyny dość młode, gęste, stąd lasy te niezbyt nadają się do turystycznych penetracji. Jedynie w trudniej dostępnych terenach rosną starsze już przestoje z okazałymi drzewami, rzadsze, z kobiercami borówczysk. Ta monokultura świerkowa sprawiła, że zarówno regiel dolny (do 400 m npm), jak i regiel górny (400 - 1000 m npm) jest dość jednolity pod względem gatunkowym. Tylko miejscami w niższych partiach występują przymieszki drzew liściastych, głównie buka i brzozy. W reglu dolnym dominują pola i łąki, w runie spotyka się szereg interesujących roślin. W wilgotniejszych stanowiskach popularny jest zwłaszcza pełnik europejski odmiany siedmiogrodzkiej, o złocistej barwie kwiatów, który od masowego tu występowania zyskał nazwę róży kłodzkiej. Natomiast wczesną jesienią zakwita fioletowo podobny do krokusa ziemowit. Spośród innych ciekawszych gatunków należy wymienić chroniony dziewięćsił bezłodygowy oraz storczyki: kukawkę, plamistego i samiczego, a także goździka kartuzka, firletkę poszarpaną, jasieńca piskowego.
Szczególnie interesującym obiektem przyrody ożywionej jest rezerwat Wielkie Torfowisko Batorowskie. Został on utworzony w 1958r. na powierzchni 39,53 ha pomiędzy Karłowem a Batorowem. Znajduje się tu ciekawe górskie torfowisko wysokie, w większości zalesione. Rosnące na zabagnionym podłożu świerki są skarlałe, poskręcane, choć znaczna ich część ma ponad 120 lat. W nieco luźniejszych stanowiskach występuje rzadki gatunek sosny błotnej. Ruń tworzy tu przede wszystkim mech torfowiec, z domieszką turzycy skąpokwiatowej, bażyny czarnej, bagna, modrzewicy, borówki bagiennej i żurawiny błotnej. Natomiast w obniżeniach zwanych dolinkami, gdzie występuje nadmiar wody, rośnie głównie turzyca bagienna, przygiełka biała i bagnica torfowa. Rezerwat ten należy do najciekawszych w całych Sudetach.
Godne uwagi są również parki zdrojowe. W Kudowie Zdroju rośnie pokaźna ilość gatunków roślin egzotycznych, jak wejmutki, dęby błotne, miłorzęby. Natomiast w parku polanickim rosną obficie zwłaszcza różanecznik (rododendrony) i azalie, które nadają mu szczególnego uroku.
Świat zwierząt jest daleko mniej urozmaicony gatunkowo. Z większych okazów spotyka się sarny i dziki. Drobniejsze gatunki (ptaki, ślimaki, owady) należą głównie do fauny borealnogórskiej (świdrzyk, pomrów czarniawy) i atlantyckiej (gryzoń leśny żołędnica).
